projet MycoVir

Etude de la diversité des mycovirus de champignons phytopathogènes et
entomopathogènes

Responsables

Laurence BLONDIN (UMR PHIM, Cirad) courriel

Doriane MUTUEL (UMR DGIMI, INRAe) courriel

Résumé

Les mycovirus sont des virus qui infectent les champignons, largement présents parmi diverses espèces fongiques, mais dont les effets écologiques sont encore mal compris. Ces virus peuvent influencer la biologie des champignons, notamment en modifiant leur reproduction et leur croissance ou en induisant des changements de virulence. Cette capacité à modifier la virulence de leur hôte rend les mycovirus prometteurs pour le biocontrôle. Cependant, la méconnaissance de leur diversité freine leur utilisation. Actuellement, seulement 579 espèces de mycovirus sont identifiées, sur un total de 16393 espèces virales. L’objectif du projet MYCOVIR sera double. Il s’agira dans un premier temps de poursuivre les travaux préliminaires réalisés en 2024 à l’UMR PHIM sur la diversité des mycovirus infectants Pyricularia oryzae. Nous tenterons de décrypter et de comparer, à l’aide d’une approche combinant l’utilisation d’anticorps IgM anti-dsRNA et le séquençage par la technologie Nanopore, les mycoviromes de 30 souches de P. oryzae. Nous essaierons alors de déterminer si les types d’assemblage de mycovirus sont corrélés avec les niveaux de virulence de ces 30 souches de P. oryzae quantifiés expérimentalement sur un panel représentatif de variétés de riz. Nous utiliserons enfin l’approche IgM anti-dsRNA / Nanopore pour effectuer l’inventaire du virome d’une collection de 30 chenilles de Spodoptera frugiperda qui est l’un des modèles d’étude principaux de l’UMR DGIMI. Les approches bioinformatiques qui seront alors développées permettront d’identifier si des mycovirus de champignons entomopathogènes étaient présents dans les chenilles analysées, et si ces mycovirus coexistaient avec des virus d’insecte (e.g. densovirus). Ces recherches sont essentielles pour identifier des mycovirus potentiels pour le biocontrôle.