projet Evolgraphs

Analyse de la diversité génomique à partir de graphes de pangénome

responsables

Stéphane DE MITA (PHIM, INRAE) courriel

Christine TRANCHANT-DUBREUIL (DIADE, IRD) courriel

résumé

Les graphes de pangénome sont un outil à la fois puissant et flexible pour manipuler les alignements de génomes assemblés au niveau du chromosome entier. En tant qu’innovation récente dans la littérature, leur utilisation est limitée par les outils bioinformatiques disponibles. La génération des graphes et leur visualisation graphique représentent la majeure partie des développements qui ont été réalisés à ce jour. Il y a en contraste peu d’outils stables pour d’exploiter les graphes dans les analyses bioinformatiques consécutives, tout particulièrement celles étudiant le polymorphisme de séquence.

Prenant appui sur des compétences fortes de l’environnement Montpelliérain et s’appuyant sur une communauté à l’interface de la bioinformatique, de la génomique, de la génétique des populations et de la santé des plantes, EvolGraph développera des outils permettant d’analyser le polymorphisme génomique directement à partir de graphes. Cette innovation technique est rendue possible par à la conjonction de deux projets en développement actif permettant pour l’un de manipuler les graphes de manière efficace et flexible et pour l’autre d’analyser des données génomiques dans le cadre de travail de la génétique des populations.

Combinant l’expertise des concepts et méthodes de génétiques des populations présente au sein de l’Unité PHIM et celle de l’analyse de la dynamique évolutive des génomes présente à DIADE, EvolGraphs a le potentiel de fournir à la communauté un outil fiable et efficace dans le contexte d’un stage de deuxième année de Master tout en offrant la possibilité d’une application immédiate à la problématique des interactions plante-microorganismes.