Atelier BIO-INFORMATIQUE: EggLib

génomique des populations sous Python

À l’heure de la disponibilité de vaste jeux de données génomiques, l’examen de questions de génétique des populations est devenu de manière croissante dépendant d’outils bioinformatiques performants.

Le projet EggLib propose des outils pour calculer un vaste éventail de statistiques de génétique des populations sur des jeux de données de grande taille tout en proposant une interface aussi intuitive que possible.

Avec le soutien de l’initiative clé de l’Université de Montpellier pour la santé des plantes et des agrosystèmes CLAPAS, nous organisons un atelier de prise en main d’EggLib de 2 jours et demi.

L’atelier sera animé par les développeurs d’EggLib:

* Stéphane De Mita (UMR PHIM, Montpellier)
* Mathieu Siol (UMR Agroécologie, Dijon)

Les objectifs de la formation sont:

* Importation de données au format VCF et FASTA
* Notion d’alphabets
* Description de la structure de l’échantillon
* Calcul de statistiques (polymorphisme, spectre de fréquences des mutations, déséquilibre de liaison, etc) à partir de différents types de données génétiques
* Analyse d’une région spécifique du génome
* Analyse en fenêtre glissante
* Prise en compte du cadre de lecture (contraste synonyme / non-synonyme)

infos pratiques

Dates: du lundi 24 novembre 2025 à 9:00 au mercredi 26 novembre 2025 à 12:00
Lieu: salle Badiane, Agropolis International (1000 Avenue Agropolis, Montpellier)
Nombre de places: 20 personnes

Cette formation est gratuite pour les membres des laboratoires participant à l’initiative CLAPAS, et l’atelier est ouvert aux chercheurs et ingénieurs (y compris post-doctorants et doctorants) en bioinformatique ou biologie évolutive dans la limite des places disponibles.

Il est demandé en pré-requis une maîtrise de base du langage Python et des concepts de la génétique des populations.

Pour les inscriptions, veuillez utiliser ce formulaire